Järvien happivarannot vähenevät talven mittaan, koska jääkansi eristää järven ilmakehästä, eikä happea tuottavaa yhteyttämistä juuri tapahdu. Hapen kuluminen sen sijaan jatkuu. Rehevöityminen pahentaa tilannetta, sillä se lisää huomattavasti vesistöjen pohjalle kertyvän happea kuluttavan orgaanisen aineen määrää. Säännöstellyissä järvissä vedenpintaa lasketaan kevättalvisin, jotta sulamisvesille saataisiin tilaa järviin ja tulvat jäisivät pienemmiksi. Matalissa järvissä vedenpinnanlasku merkitsee kuitenkin huomattavaa vesitilavuuden pienentymistä.
Suurten järvien kuten Lappajärven ja Kuortaneenjärven jäänalaisessa päällysvedessä happea on runsaasti ja happiongelmat rajoittuvat syvänteiden pohjalle. Sen sijaan matalammissa järvissä happipitoisuus on laskenut syvänteiden lisäksi myös päällysvedessä. Heikoin tilanne on matalissa ja rehevöityneissä järvissä ja esimerkiksi suljetuilla lahtialueilla. Esimerkiksi Nurmonjoen pienten latvajärvien happitilanne on laajalti heikentynyt, samoin kuin Vetelin Räyringinjärven ja Evijärven lahtialueiden. Kuorasjärvellä pinnan happitilanteen tiedetään olleen viimeksi yhtä huono vuonna 2002. Tekojärvien pintaa on laskettu tulviin varautumisen vuoksi tavanomaista enemmän, mikä lisää happiongelmien riskiä. Kuitenkin esimerkiksi Kalajärven ja Kyrkösjärven happitilanne on ollut vielä varsin hyvä. Happiongelmia on nyt myös melko luonnontilaisissa järvissä kuten Perhon Salamajärvellä.
Hapen loppuminen aiheuttaa sisäistä kuormitusta eli fosforin liukenemista pohjasedimentistä veteen. Näkyvimpiä seurauksia ovat kuitenkin kalakuolemat. Kalakuolemia on ilmoitettu ELY-keskukselle Kauhavan Kortesjärveltä ja Alavuden Kuotesjärveltä. Kaloista eniten happea vaativat lohikalat, kuten siika, taimen ja muikku. Kestävimpiä taas ovat särjensukuiset kalat.
Järvien lisäksi happiongelmia voi ilmetä matalissa suljetuissa merenlahdissa ja fladoissa. Hapenvajausta voi esiintyä myös hitaasti virtaavissa tai vähävetisissä jätevesien kuormittamissa ojissa ja joissa. Virtaavien vesien lajit ovat erityisen herkkiä hapen vähenemiselle, sillä ne ovat sopeutuneet runsashappisiin olosuhteisiin.
