Matalissa järvissä suhteellisen vähäinenkin pinnanlasku merkitsee huomattavaa vesitilavuuden pienentymistä. Järvien happivarannot vähenevät talven mittaan, koska jääkansi eristää järven ilmakehästä, eikä happea tuottavaa yhteyttämistä juuri tapahdu. Hapen kuluminen sen sijaan jatkuu. Rehevöityminen pahentaa tilannetta, sillä se lisää huomattavasti vesistöjen pohjalla kertyvän happea kuluttavan orgaanisen aineen määrää.
Suurten järvien kuten Lappajärven, Kuorasjärven ja Ähtärinjärven jäänalaisessa päällysvedessä happea on runsaasti ja happiongelmat rajoittuvat syvänteiden pohjalle. Sen sijaan matalammissa järvissä happipitoisuus on laskenut syvänteiden lisäksi myös päällysvedessä. Heikoin tilanne on matalissa ja rehevöityneissä järvissä ja esimerkiksi suljetuilla lahtialueilla. Esimerkiksi Nurmonjoen pienten latvajärvien happitilanne on laajalti heikentynyt, samoin kuin Evijärven lahtialueiden. Tekojärvien pintaa on laskettu tulviin varautumisen vuoksi tavanomaista enemmän, mikä lisää happiongelmien riskiä. Kuitenkin esimerkiksi Kalajärven ja Kyrkösjärven happitilanne on vielä ollut varsin hyvä.
Hapen loppumisen aiheuttaa sisäistä kuormitusta eli fosforin liukenemista pohjasedimentistä veteen. Näkyvimpiä seurauksia ovat kuitenkin kalakuolemat. Toistaiseksi kalakuolemia ei ole tullut ELY-keskuksen tietoon. Kaloista eniten happea vaativat lohikalat, kuten siika, taimen ja muikku. Kestävimpiä taas ovat särjensukuiset kalat.
Järvien lisäksi happiongelmia voi ilmetä matalissa suljetuissa merenlahdissa ja fladoissa. Hapanvajausta voi esiintyä myös hitaasti virtaavissa tai vähävetisissä jätevesien kuormittamissa ojissa ja joissa. Virtaavien vesien lajit ovat erityisen herkkiä hapen vähenemiselle, sillä ne ovat sopeutuneet runsashappisiin olosuhteisiin.
