JÄRVIEN vedenpinnat olivat syyskuun puoliväliin saakka pohjalaismaakunnissa edelleen selvästi ajankohdan keskimääräisen tason alapuolella. Sekä säännöstellyiltä että säännöstelemättömiltä järviltä tuli runsaasti yhteydenottoja poikkeuksellisen matalista vedenpinnoista. Syyskuun loppupuolen sateet nostivat virtaamia ja järvien vedenpintoja pitkän kuivan jakson jälkeen, vaikka edelleen suuri osa sateista imeytyi kuivaan maaperään. Sateet riittivät paikoin nostamaan järvien vedenpintoja lähelle syyskuun tavanomaisia tasoja.
Eniten satoi Keski-Pohjanmaalla Perhonjoen vesistöalueella. Syyskuun sademäärä Kaustisilla oli yli 100 mm, joka on noin kaksinkertainen keskimääräiseen syyskuun sademäärään verrattuna. Perhonjoen alaosalla Kaitforsissa virtaama oli syyskuun puoliväliin saakka vain noin 3 m3/s. Sateet nostivat virtaaman 18.9. tasolle 32 m3/s. Venetjoen ja Vissaveden tekojärvien vedenpinnat nousivat yli ajankohdan keskimääräisen tason. Patanan tekojärven vedenpinta nousi 20 cm, mutta on edelleen lähes puoli metriä alle ajankohdan keskimääräisen.
Ähtävänjoella Lappajärven vedenpinta nousi sateiden seurauksena 8 cm päätyen tavoitevyöhykkeen alaosalle. Säännöstelyluvan tavoitevyöhyke laskee hiljalleen syyskuusta alkaen kohti kevättä, jotta keväällä on tilaa sulamisvesille. Lapuanjoen alaosalla virtaama oli syyskuun alun ajan vain 3 m3/s. Virtaama nousi syyskuun puolivälin jälkeen ja oli suurimmillaan syyskuun lopulla 31 m3/s. Kuortaneenjärvi, Varpulan tekojärven ja usean muun järven pinta nousi lähelle ajankohdan tavanomaista tasoa. Hirvijärven tekojärven vedenpinta nousi noin 10 cm, mutta pinta on edelleen noin puoli metriä alle ajankohdan keskimääräisen tason.
Kyrönjoen alaosalla virtaama oli syyskuun alkupuolella vain noin 6 m3/s. Syyskuun lopulla se nousi ylimmillään tasolle 78 m3/s. Kalajärven ja Kyrkösjärven tekojärvien pinnat nousivat noin 10 cm. Kalajärvi on edelleen noin 20 cm ja Kyrkösjärvi 10 cm ajankohdan keskimääräistä alempana.
Närpiönjoella virtaama oli syyskuun alussa alle kuution sekunnissa. Suurimmillaan virtaama oli syyskuun puolivälin sateiden jälkeen 17 m3/s.
JOKIEN ja järvien vesi on monin paikoin ollut varsin heikkolaatuista. Ravinnepitoisuudet ovat olleet pääosin tyydyttävää tai välttävää tasoa ja joissain jokivesistöissä jopa selkeästi huonoa tilaa ilmentävällä tasolla. Alivirtaamaolosuhteissa korostuu jätevesien vaikutus veden laatuun, toisaalta taas hetkelliset rankat sateet ovat paikoin voimakkaasti samentaneet vettä. Jokien vesi onkin ollut ajoittain sameaa ja varsin tummaa. Pohjavesivaikutteisten jokien, kuten Isojoki ja Lestijoki, vesi on ollut puolestaan laadultaan selvästi kirkkaampaa ja ravinnepitoisuudet pienempiä. Leväkukintoja on edelleen esiintynyt alueen järvissä, mutta ne ovat loppukuuta kohden laantuneet. Happamuustilanne jokivesissä vastaa pääosin tyypillisiä kesän olosuhteita pH:n ollessa pääosin 6-7 välillä.
SYYSKUUN alusta asti pohjaveden pinnankorkeudet ovat kääntyneet nousuun. Pohjavesivarannot ovat täyttymässä taas kuivan kesän jälkeen syyssateiden alettua, kun haihdunta ja kasvien tarvitsema vesimäärä on vähentynyt. Pohjaveden korkeusmittausasemilla on ollut havaittavissa nouseva trendi koko kuukauden aikana ja pinnat ovat paikoitellen nousseet 10–50 cm. Noususta huolimatta pohjavedenpinnat ovat osassa maakuntaa yhä ajankohdan keskiarvoa alempana.